東京大学医科学研究所は、半導体メーカーであるエヌビディア(NVIDIA)のシステム導入により、がん診断などに活用するゲノムデータ解析時間を1/5に短縮した。2021年2月、同研究所 ヒトゲノム解析センター所長の井元清哉氏がエヌビディアと共に実施したオンラインセミナーで報告した。

 東大医科研のヒトゲノム解析センターでは、「SHIROKANE」と呼ぶスーパーコンピューターを導入し、ゲノム解析を行っている。今回、高速化の対象になったのは、ゲノム情報の「二次解析」プロセス。次世代シーケンサーでゲノム情報を読んだ後、エラー補正した上でゲノムの異常を特定していく解析である。エヌビディアの画像処理半導体であるGPU、および専用のソフトウエアである「Clara Parabricks」の導入により、この二次解析に要する時間を1/5に短縮した。

ShirokaneのGPUノード(提供:東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)
ShirokaneのGPUノード(提供:東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)
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 高速化したゲノム解析システムは、SHIROKANEの有償外部利用者である研究機関など1800カ所に公開していく。井元氏によると「例えば、病態進展が早い白血病においては、1週間のうちに治療のプラニングをしたいニーズがある。データ解析に10時間かかっていたのが100分ほどに短縮できる。国内で2017年に新たに診断されたがんは97万7293人で、全ゲノムシーケンスデータ解析は高いニーズがある」と語る。