2020年12月3~9日に海外の企業・大学・研究機関・米食品医薬品局(FDA)などが配信したプレスリリースの中から、注目のニュースをピックアップしました。

■ゲノム配列解析アプリ「iGenomics」を開発、米Cold Spring Harbor研究所

  •  米Cold Spring Harbor研究所(CSHL)が、ゲノム配列を解析するiPhoneアプリ「iGenomics」を開発した。iPhoneとポータブルなDNAシーケンサーをペアリングすると、どんな場所も遺伝学研究室に変身する。アプリはiOSデバイス上で動作するため、現場でノートPCや大型機器を使用する必要がない。

     iGenomicsをプログラミングしたのは、Facebook社のソフトウエアエンジニアであるアスピン・パラトニク氏。パラトニク氏は14歳のインターン時代から8年間に渡りCSHLのマイケル・シャッツ准教授の研究室でiGenomicsの開発に携わり、このたびついに完成版を発表した。

    (出所:Cold Spring Harbor研究所プレスリリース)

     iGenomicsアプリと一緒に使用するのは、英Oxford Nanopore社の小型DNAシーケンシング装置だ。従来、DNAの研究はアラインメント(調整)や分析などを大がかりなサーバ・クラスタや高性能のPCで行ってきた。そのため、遠隔地で分析を行う場合は研究者がスーツケースにたくさんの装置を詰め込んで移動する必要があった。

     iGenomicsがあれば、ゲノム研究がどこでも手軽に、費用をかけずに行うことが可能になる。また、ユーザー同士でシーケンシングデータをAirDropで共有することで、リモートからのDNA解析もできるようになる。シャッツ准教授は「宇宙で行うDNAシークエンシングに関心が高まっている。何とかしてiGenomicsを宇宙で使えるようにする方法がないか、模索中だ」と語る。

     パラトニク氏とシャッツ准教授は、バイオメディカル情報誌「Gigascience」に、iGenomicsのアルゴリズムを使ってインフルエンザウイルスやジカウイルスなどのウイルス性病原体のDNA配列を迅速にマッピングし、診断や治療に重要な変異を特定できることを報告している。また、オンライン講座を提供し、SARS-CoV-2患者から採取したウイルスゲノムの解析について解説している。

     シャッツ准教授は「誰もがプロ用のカメラをポケットに持ち歩く時代になった。数年後には、スマホのDNAシーケンサーを持ち歩くようになるかも知れない。この装置が、環境を測定したり、病原体を発見したり、自分の身体をスキャンしたりする一助となることを願っている」と述べた。
    The world's first DNA "tricorder" in your pocket